苹果的休眠期也可以说挺漫长的，从11月份开始到来年的3月份都处于休眠期，这期间大多病虫害都停止活动，都集中在病残枝、叶、树枝干上冬眠，这样就便于大规模的消灭。因此，抓住苹果树休眠期进行越冬防治，可收到事半功倍的效果。苹果树在休眠期病虫害防治重点有：苹果树腐烂病、苹果树干轮纹病、金纹细蛾、叶螨等。
出现苹果树腐烂病要及时彻底地刮除腐烂病病斑。在冬前11月份，发现病斑，立即刮除，再涂抹唯它灵300倍液等进行消毒。
到3月上中旬，气温已开始回升变暖，病菌开始活动，这时期苹果尚未发芽，可以喷一次灭生性农药，铲除越冬病原菌及越冬蚜、螨。
农业防治
一是清洁果园。待树上叶片脱落以后，彻底清扫叶片、病果和杂草，摘除僵果，集中烧毁或深埋，以消灭在其上越冬的病虫。同时结合冬剪，剪除树上的病枝和虫枝。
二是刮树皮。山楂叶螨、二斑叶螨、梨小食心虫、卷叶蛾等害虫大多在粗皮、翘皮裂缝处越冬，若能细致的刮净粗皮、翘皮，可杀死50%—90%的越冬害虫。
三是树干涂白。主要保护树干、主枝及较大的辅养枝和侧枝。
四是深翻。封冻前将树冠下土壤深翻20—30厘米，既可熟化土壤，又可消灭在土壤中越冬的害虫，如桃蛀果蛾、山楂叶螨、二斑叶螨等，深翻时，一定要将下层土壤翻至上层。
药剂防治
苹果树腐烂病和枝干轮纹病主要在初冬或早春刮除病斑或病瘤后抹药。刮除腐烂病时，刮治的病斑呈梭形，刮病斑的宽度比原病斑宽1厘米左右，深达木质部，将病皮彻底消除。刮治前后所用工具要消毒，刮的病皮带出果园烧毁，病斑刮除后，要用唯它灵300倍液涂抹。同时每年早春还要对刮治3年以后的原病斑再消毒一次。对苹果树腐烂病发生不太严重的果园，还可在冬前或早春采用树体喷药的方法防治，选用唯它灵稀释500倍液。